Lost Planet Extreme Condition ocorre no ano conhecido no jogo como -80 S.C no planeta fictício de E.D.N III. Depois que as condições da Terra se tornaram hostis demais para os humanos devido à guerra, aquecimento global e poluição, uma megacorporação interestelar fictícia chamada Neo-Venus Construction (NEVEC) planeja colonizar o E.D.N III, um novo planeta parecido com a Terra. A NEVEC descobriu que o E.D.N III é habitado por uma espécie alienígena insectóide agressiva e territorial chamada Akrid, que vem em todas as formas e tamanhos e gera sua própria energia térmica preciosa. 150 anos depois que uma grande guerra foi travada em que os humanos perderam para o Akrid, o enredo do jogo gira em torno de Wayne Holden, um soldado que tenta derrubar o NEVEC, que ainda disputam o controle sobre o EDN III e ajudar os esforços de colonização para o resto da raça humana, destruindo o Akrid, o tempo todo tentando sobreviver tanto as traições como as condições extremas do planeta.