O jogo se passa em 1962, durante a presidência de John F. Kennedy. A ação acontece no auge da Guerra Fria, quando o medo da Rússia superar os Estados Unidos como potencia dominante estava no auge. Há uma corrida armamentista nuclear acontecendo em todo o mundo, e dezenas de agências governamentais foram vendidas para o público como mais uma medida para manter os soviéticos do outro lado do mundo. Mas essas agências também estavam manipulando informações e situações para anular qualquer conceito de fraqueza ou descontrole das mentes dos americanos. O Bureau é uma dessas agências. Como no caso da COINTELPRO, o verdadeiro propósito do Bureau é vencer uma outra guerra que está sendo clandestinamente travada nas sombras.