Aya Brea está de volta. Em Parasite Eve 2, agora ela faz parte de uma equipe chamada M.I.S.T, que cuida do controle das eventuais mutações ocorridas devido às influências das mitocôndrias nas células. Nesta versão do game, rola mais ação e as batalhas estão muito mais livres; o game não é mais um RPG e sim um adventure, como a série Resident Evil.
