MegaMan Zero

Zero é acordado muitos anos após a Série X pela cientista Ciel, e se vê em um mundo completamete diferente. Contando com uma tecnologia muito superior a de sua época, humanos vivem pacificamente em uma cidade-estado intitulada "Neo Arcadia", a Elysium sonhada por X. Todavia, o custo de tal serena forma de vida é logo revelado por inúmeros reploids sendo executados em campos de concentração sob a injusta acusação de rebelião contra a sociedade humana. O motivo de tal radicalismo era a crise de energia enfrentada no momento, encontrando na eliminação dos reploids a solução.

Zero logo se alia a um grupo de reploids fugitivos que luta por igualdade de direitos para humanos e reploids, liderados por Ciel, humana que compartilha dos mesmos ideais. Entretanto, Zero descobre que o líder de tal sociedade é ninguém menos que um clone de seu melhor amigo X, com quem lutara lado-a-lado contra os seguidores de Sigma nas Maverick Wars desde que ambos foram encontrados. Agora Zero terá de ajudar a Resistência a por fim a opressão e conseguir a tão almejada paz com a Neo Arcadia, ou derrotá-la completamente junto com seu líder e antigo amigo, X.