No ano 20XX A.D., Mega Man luta mais uma vez contra Dr. Wily, e depois de vencê-lo, Mega Man prende Wily. Mas Wily, sempre pensando no futuro, criou 4 robôs para qualquer falha de planos ou algo assim.
Seis meses depois de Dr. Wily ser preso, os robôs, que estavam escondidos, despertam, e buscam apenas uma coisa: o seu Líder!
