Deserts of Kharak relata os eventos anteriores a Homeworld 1 e 2 e se passa no planeta de Kharak, onde uma anomalia foi encontrada. A oficial Rachel S’jet da Coalition of the Nothern Kiithid comandará uma expedição para desvendar o mistério no planeta. Os jogadores vão controlar conjuntos de unidades, desde veículos leves, até gigantescas naves de cruzeiro, combatendo no meio de um ambientes de larga escala em Kharak.
