A narrativa de Alphadia Genesis é sinuosa e os personagens coloridos. A história fala sobre Fray e sua equipe de investigação, do reino de Archleign, que partiram para resolver um mistério de assassinato em uma cidade próxima. Depois de algumas investigações, Fray e seus companheiros se juntam com os delegados do reino de Ghalzabine. Isso faz com que as tensões entre os dois reinos aumentem, pois ambos possuem uma relação difícil, desde a "Guerra Energi" a 15 anos antes da investigação conjunta.
